| Tingkatan taksonomi (dari bawah ke atas) adalah: spesies, genus, famili, ordo, klas, dan kerajaan (kingdom); Namun, ahli mikrobiologi seringkali menggunakan nama seksi (suatu pengelompokan yang kurang formal) yang bersifat deskriptif untuk kelompok-kelompok organisme tertentu, seperti metanogen, purple bacteria, bakteri asam laktat, dan lain-lain. |
| Kelompok taksonomi dasar adalah spesies |
| 1 |
Spesies prokariotik tidak didefinikan atas dasar kecocokan (compatibility) reproduktif seksual (sebagaimana pada organisme tingkat tinggi) tetapi didasarkan atas perbedaan fenotipik dan genotipik; spesien prokariotik adalah koleksi galur (strain) yang mempunyai banyak kesamaan sifat yang stabil dan berbeda secara nyata dengan sekurang-kurang beberapa kelompok galur lain. |
| 2 |
Galur adalah populasi organisme yang dapat dibedakan dari sekurang-kurang beberapa pupulasi lain dalam suatu kategori taksonomik, galur dianggap berasal dari organisme tunggal atau isolat kultur tunggal. |
| |
Biovar – berbeda secara biokimiawi atau fisiologisMorfovar – berbeda secara morfologi Serovar – berbeda sifat antigenik |
| 3 |
Galur tipe (Type strain) adalah galur suatu spesies yang dikaji pertama kali (yang paling rinci dikarakterisasi), galur ini tidak harus anggota yang paling mewakil. |
| 4 |
Genus adalah kelompok spesies (satu atau lebih) yang telah ditentukan dengan sangat baik yang secara jelas terpisah (berbeda) dari genera lain |
| Dalam sistem nomenklatur binomial yang diajukan oleh Carl von Linne (Carolus Linnaeus), huruf pertama nama genus ditulis dengan huruf besar dan epitet spesifik ditulis dengan huruf kecil pada huruf pertamanya (e.g., Escherichia coli); dalam artikel ilmiah, huruf pertama genus dapat disingkat penulisan penulisan setelah digunakan setelah ditulis lengkap pada penulisan sebelumnya. (contoh, E. coli): |
| 1 |
Eukaria-meliputi seluruh organisme eukariotik |
| 2 |
Bakteria-terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai rRNA bakterial and lipid membran terutama berupa diasil gliserol eter |
| 3 |
Archaea-terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai rRNA archaeal dan lipid membran terutama berupada isoprenoid gliseral dieter atau turunan diglesrol tetraeter. |
| Sel eukariotik modern yang muncul kurang lebih 1,4 milyar tahun yang lalu berasal dari prokariot |
| 1 |
Hipotesis I: perkembangan kloroplast dan mitokondria merupakan pelipatan (invaginasi) membran plasma dan kemudian membentuk ruang- ruang (compartmentalization) dengan fungsi tertentu |
| 2 |
Hipotesis II (hipotesis endosimbiotik) menyarankan sebagai berikut: |
| |
a |
Proses pertama pembentukan sel eukariot adalah pembentuk nukleus (mungkin fusi bakteri dan archaea purba) |
| |
b |
Kloroplast dibentuk ketika bakteri fotosintetik yang hidup bebas bersimbiosis dengan sel eukariotik primitif (sianobakteria dan proklron disarankan sebagai kandidat yang paling kuat) |
| |
c |
Mitokondria mungkin terbentuk melalui proses yang sama (tetua Agrobacterium, Rhizobium, dan riketsia menjadi kandidatnya) |
| |
Hopotesis endosimbiotik mendapat dukungan kuat dari penemuan sianobakterium yang berendosimbiotik dengan protista biflagelata (Cyanophora paradoxa); sianobakterium berfungsi sebagai chloroplast Cyanophora paradoxa; endosimbiotik ini dikenal sebagai sianel (cyanelle) |
| Taksonomi mikroba saat ini sedang memasuki perode perubahan besar yang disebabkan oleh penggunaan teknik molekuler |
