Survei filogenetik dan keragaman prokariot

Volume 1 (of 2nd edition of Bergey’s Manual): The Archaea, Genera bakteri fototropik dan dekat percabangan dengan archaea
Archaea-dibagi dua phyla
1	Crenarchaeota- phylum yang beragam terdiri dari organisme termofilik dan hipertermofilik dan juga beberapa organisme yang tumbuh di laut pada suhu rendah sebagai picoplankton
2	Euryarchaeota- terdiri dari terutama prokariot metanogenik dan halofilik dan uga prokariot termofilik, pereduksi sulfur
Bakteri
1	Aquificae – phylum yang terdiri dari bakteri autotropik yang menggunakan hidrogen sebagai sumber energi; sebagian besar adalah bakteri termofilik
2	Thermatogae – phylum yang terdiri dari bakteri gram negatip, fermentatif termofilik, anaerobik.; mempunyai asam lemak yang tidak umum
3	Deinococcus-Thermus – phylum ini meliputi bakteri dengan resistensi luar biasa terhadap radiasi dan organisme termofili
4	Chloroflexi – phylum ini terdiri dari bakteri yang seringkali disebut bakteri nonsulfur hijau; beberapa melakukan fotosintesis anoksigenik (anoxygenic), sedangkan yang lain bakteri respiratori dan bergerak secara gliding; mempunyai peptidoglikan yang tidak biasa dan tidak mempunyai liposakarida dalam membran luarnya
5	Chloroflexi – phylum ini terdiri dari bakteri yang seringkali disebut bakteri nonsulfur hijau; beberapa melakukan fotosintesis anoksigenik (anoxygenic), sedangkan yang lain bakteri respiratori dan bergerak secara gliding; mempunyai peptidoglikan yang tidak biasa dan tidak mempunyai liposakarida dalam membran luarny
6	Cyanobacteria-phylum yang terdiri dari bakteri fotosintetik oksigenik
7	Chlorobi- phylum ini terdiri dari bakteri fotosintetik anoksigenik yang dikenal sebagai bakteri sulfur hijau
Volume 2:
Proteobacteria – hanya satu phylum disebut Proteobacteria, yang terdiri dari banyak ragam bakteri gram negatip
Volume 3:
Bakteri gram positip dengan kandung G+C rendah – hanya satu philum disebut Firmicutes; seluruhnya mempunyai kandungan G+C 50%; kecuali mycoplasma, yang tidak mempunyai dinding sel, seluruhnya adalah gram positip; meliputi genera yang menghasilkan endospora
Volume 4:
Bakteri gram positip dengan kandungan G+C tinggi – mencakup phylum Actinobacteria; mempunyai kandungan G+C 50-55%; meliputi bakteri  filamentous (actinomycetes) and bakteri dengan dinding sel yang tidak biasa (mycobacteria)
Volume 5:
Planctomycetes, Spriocheates, Fibrobacteres, Bacteroidetes, dan Fusobacteria- campuran dari berbagai jenis kelompok filogenetik dengan percabangan dekat yang tidak harus berhubungan satu sama lain walaupun seluruhnya gram negatip
1	Planctomycetes
	phylum terdiri dari bakteri dengan sifat tidak biasa, termasuk dinding sel yang tidak mempunyai peptidoglika dan sel dengan nukleoid yang diselimuti membran;
	membelah dengan bertunas dan membentuk tonjolan (appendages) yang disebut stalks
2	Chlamydiae
	phylum terdiri dari patogen intraseluler
	obligat yang mempunyai siklus hidup unik; patogen ini tidak mempunyai peptidoglikan
3	Spirochaetes
	phylum terdiri dari bakteri berbentuk heliks dengan morfologi dan motilitas unik
4	Bacteroides
	phylum yang terdiri dari sejumlah bakteri penting secara ekologis