Sistem Klasifikasi

Klasifikasi Alami (Natural classification) –
penataan organisme ke dalam kelompok-kelompok yang anggota-anggotanya mempnyai banyak kesamaan sifat dan mencerminkan sebanyak mungkin sifat biologis organsme.
Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan organisme didasarkan atas kesamaan secara keseluruhan
Seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas kesamaan karakter
Tidak tergantung pada analisis filogenetik
Menggunakan “unweighted traits”
Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin sifat (attributes)
Taksomi Numerik (Numerical taxonomy)
Informasi sifat suatu organisme dikonversikan ke bentuk yang sesuai untuk analisis numerk dan dibandingkan menggunakan komputer.
Ada atau tidaknya sekuran-kurangnya 50 (sebaiknya beberapa ratus) karakater dibandingkan; karakter tersebut di antaranya karakter morfologi, biokimiawi, dan fisiologi)
Koefisien asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter yang dimiliki oleh dua organisme
-	Koefisien kesesuaian sederhana (Simple matching coefficient) – proporsi yang sesuai (match) baik untuk karakter yang ada maupun tidak ada
-	Koefisien Jaccard (Jaccard coefficient) – mengabaikan karakter-karakter yang tidak ada pada kedua organisme
-	Nilai-nilai tersebut diatur untuk membentuk matriks kesamaan  (similarity matrix); organisme dengan kesamaan tinggi dikelompokkan bersama dalam fenon (phenons)
-	Perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat tetapi fenon dengan kesamaan 80% seringkali dianggap satu spesies (bakteri)
Menggunakan  unweighted traits
Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin karakter  (attributes)
Sistem filogeneti (filetik) {Phylogenetic (phyletic)-pengelompokan organisme didasarkan pada hubungan evolusioner
>		Untuk prokariot adalah sulit untuk mengetahui hubungan evolusi karena kekurangan catatan fosil yang baik
>		Pembandingan langsung materi genetik dan produk gen seperti rRNA dan protein dapat digunakan untuk mengatasi kesulitan tersebut di atas