| Karakter klasik (Classical characteristics) |
| 1 |
Karakter morfologis (Morphological characteristics)- mudah untuk dianalisis, stabil secara genetis, variasi tidak besar terhadap perubahan lingkungan; seringkali menjadi indikasi yang baik untuk hubungan filogenetik |
| 2 |
Karakter fisiologis dan metabolik (Physiological and metabolic characteristics)- berkaitan langsung dengan enzim dan protein transport (produk gen) dan oleh karenanya secara tidak langsung menunjukkan perbandingan genom mikroba |
| 3 |
Karakter ekologis (Ecological characteristics) – meliputi pola siklus hidup, hubungan simbiotik, patogenitas, preferensi habitat, dan kebutuhan pertumbuhan |
| 4 |
Analisis genetik (Genetic analysis) – meliputi kajian pertukaran gen kromosomal melalui konjugasi dan transformasi; proses ini jarang terjadi antar genera; harus hati-hati untuk mengindari kesalahan yang disebabkan adanya karakter dari plasmid |
| Karakter Molekuler (Molecular characteristics) |
| 1 |
Pembandingan protein (Comparison of proteins)-berguna sebab merefleksikan informasi genetik organisme, analisisnya melalui |
| |
a |
Penentuan urutan asam amino protein |
| |
b |
Perbandingan mobilitas elektroforesis |
| |
c |
Penentuan reaktivitas silang imunologis (immunological cross-reactivity) |
| |
d |
Perbandingan sifat enzimatis |
| 2 |
Komposisi basa asam nukleat |
| |
a |
Kandungan G+C dapat ditentukan atas dasar suhu leleh (Tm) –suhu (panas) yang mengakibatkan untai ganda molekul DNA memisah) |
| |
b |
Secara taksomi berguna karena variasi dalam genus biasanya kurang dari 10% tetapi variasi di antara genera jauh lebih besar, berkisar 25-80% |
| 3 |
Hibridisasi asam nukleat (Nucleic acid hybridization) |
| |
a |
Menentukan tingkat homologi urutan |
| |
b |
Suhu inkubasi mempengaruhi tingkat homologi urutan yang diperlukan untuk membentuk hibrid stabil |
| 4 |
Penentuan urutan asam nukleat (Nucleic acid sequencing) |
| |
a |
Gen rRNA adalah paling ideal untuk perbandingan sebab urutan basa gennya mengandung urutan yang stabil secara evolusioner (lestari) dan urutan bervariasi |
| |
b |
Sekarang ini, genom prokariotik lengkap telah ditentukan; perbandingan langsung urutan genom lengkap akan menjadi sangat penting dapam taksonomi prokariotik |
