Konsep-konsep Penting

1	Agar supaya dapat memahami keragam organisme, perlu untuk mengelompokan organisme yang sama dan mengorganisasikan kelompok ini dalam penataan hirarki tanpa tumpang tindih. Taksonomi adalah ilmu yang mengkaji klasifikasi biologis.
2	Kelompok prokariotik (archaeobacteria dan eubacteria) muncul pertama kali, kemudian kelompok eukarot.; organisme tersebut dikelompokkan dalam dalam tiga domain: Eubacteria (Bacteria), Archaea, and Eucarya. Ketiga domain ini berbeda satu sama lain dalam urutan rRNA dan banyak karakter yang lain.
3	Kelompok taksonomik dasar adalah spesies, yang ditentukan baik dalam hal reproduksi seksual maupun kemiripan umum.
4	Klasifikasi didasarkan atas analisis huhungan evolusi (klasifikasi filogenetik atau filetik) atau kemiripan (klasifikasi fenetik). Hasil analisis ini seringkali diringkas dalam diagram mirip pohon yang disebut dendogram.
5	Karakteristik fisiologis, metabolik, ekologis, genetik, dan molekuler secara keseluruhan berguna dalam taksonomi karena semua mencerminkan organisasi dan aktivitas genom..Urutam asam nukleat diduga merupakan indikator filogeni dan hubungan mikroba terbaik.
6	Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology edisi pertama adalah fenotipik dan membagi bakteria berdasarkan atas karakter yang mudah ditentukan seperti bentuk, sifat pewarnaan Gram, hubungan oksigen, dan motilitas.  Edisi keduanya, dengan lima volume dan 30 seksinya, diorganisasikan secara filogenetik dan membagi prokariot ke dalam dua domain dan sekurang-kurangnya 14 kingdom.
7	Taksonomi bakteri berubah sangat cepat sejak masuknya data baru, khususnya data yang diperoleh menggunakan teknik molekuler seperti komparasi struktur RNA ribosomal dan urutan kromosom. Hal ini akan mengarah ke klasifikasi fiogenetik baru